台灣光復初期辦理土地總登記時，其上有建物之土地為共有，或建物與其基地不同一人所有，按當時規定，建物應同時辦理地上權登記，並得由使用人單獨申請登記，其合理性有待斟酌。該等地上權登記均發生於45.12.31以前，其定有期限者，期限多已屆滿；至未定有期限者，如地上權人姓名或住所不詳，土地所有權人難以會同其申請地上權塗銷登記，且土地上無地上權人之建物或其他工作物者，顯然地上權人未行使其權利，而該地上權登記非但未能促進土地利用，對於土地所有權人及後順位他項權利人等利害關係人權益影響甚鉅。此類地上權依地籍清理條例第29條規定，土地所有權人得申請塗銷登記，經登記機關公告3個月，期滿無人異議者，塗銷之。如因塗銷登記造成地上權人之損害，由土地所有權人負損害賠償責任。