1.原以寺廟或宗教團體名義登記，34.10.24前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理使用收益者：原以寺廟或宗教團體名義登記，於34.10.24前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者，依地籍清理條例第34條及第36條規定，經登記名義人同意或其繼承人同意，由該寺廟或宗教團體檢附證明文件，向土地所在地之直轄市或縣(市)主管機關申報，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，發給證明書，再據以向該管登記機關申請更名登記。如登記名義人為行蹤不明或住址資料記載不全之自然人；或為未依地籍清理條例第17條規定申請更正之會社或組合，且無股東或組合員名冊者，得由該寺廟或宗教團體檢附相關證明文件，並切結真正權利人主張權利時，該寺廟或宗教團體願負返還及法律責任後申報。
2.以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人使用者：目前部分依法登記之寺廟或宗教性質之法人使用之土地，係以神祇或未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記為所有權人，其能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，依地籍清理條例第35條及第36條規定，由該已依法登記之寺廟或宗教性質之法人於申報期間內，向土地所在地之直轄市或縣(市)主管機關申報，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，發給證明書，再據以向該管登記機關申請更名登記；如果未能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體，為協助現使用之寺廟或宗教團體取得該土地所有權，依地籍清理條例第37條及第38條規定，由現使用之寺廟或宗教性質之法人，於申報期間內向土地所在地之直轄市或縣(市)主管機關，按當期公告土地現值，申請代為讓售予該寺廟或宗教性質之法人，經審查無誤公告3個月，期滿無人異議，並限期繳納價款後，發給土地權利移轉證明書，再據以向該管登記機關申請移轉登記。
3. 日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，地籍清理條例施行時登記為公有土地者：日據時期已移轉為寺廟或宗教團體所有而未辦登記，或移轉後被日本政府沒入，致光復後被接收登記為公有，但自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者，依地籍清理條例第39條及寺廟或宗教團體申請贈與公有土地辦法規定，由該已依法登記之募建寺廟或宗教性質之法人向土地管理機關就其實際管理、使用或收益範圍，申請贈與，再據以向該管登記機關申請贈與登記。無人異議，並限期繳納價款後，發給土地權利移轉證明書，再據以向該管登記機關申請移轉登記。